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Die Ursachen chronisch entzündlicher Darmerkrankungen sind bis heute nicht bekannt. Es gibt jedoch familiäre Häufungen von Krankheitsfällen, die eine genetische (erbliche) Komponente nahe legen. Nahe Verwandte von CED-Patienten haben ein deutlich erhöhtes Risiko, selbst zu erkranken. Man vermutet, dass zwei zumindest teilweise genetisch bedingte Besonderheiten auf fatale Weise ineinandergreifen:
Aber die Erbanlagen allein machen noch keinen Crohn und keine Colitis. Dazu müssen noch Einflüsse aus der Umwelt hinzukommen. Sicher ist, dass das Rauchen einen ungünstigen Einfluss bei Morbus Crohn hat, es gibt jedoch Berichte, nach denen die Häufigkeit der Schübe der Colitis ulcerosa bei Erkrankten, die das Rauchen aufhören, im ersten rauchfreien Jahr steigt.
Die Ernährung scheint bei der Krankheitsentstehung keine Rolle zu spielen und auch die Psyche ist nach heutiger Lehrmeinung nicht für den Ausbruch verantwortlich.